Génétique médicale

• besoin d'une sonde
  • séquence d'oligonucléotides capable de reconnaître une séquence du génome
  • marquer la sonde: fluorescence 

On fait une prise de sang, on fait une culture —> on va avoir des noyaux en métaphases, après on va dénaturer —> toutes est en simple brin, on va mettre la sonde et on remet a 37 dégrés

La sonde va pouvoir s’hybrider à un endroit spécifique ou elle est complémentaire

Si tout est normale, on aura 2 spots rouge, si par contre on a une déletion sur un des deux chromatides soeurs on aura qu’un seul spot

◼ Noyaux en métaphase

◼ Classiquement après culture de lymphocytes

◼ Mais aussi sur prélèvement de moelle ou sur culture de fibroblastes

◼ Possiblement sur tout tissu qui prolifère

• des syndromes microdélétionnels/microduplicationnels

• des régions subtélomèrique

◼ Microdélétion/duplication: remaniement chromosomique de petite taille (infracytogénétique)

◼Spécifique d’un syndrome cliniquement identifiable

◼ Environ 40 syndromes microdélétionnels/duplicationnels

◼ Représentent 1/1000 naissances

• microdélétion 22q11.2
• syndromes de Prader-Willi/Angelman

1/4'000

inter et intra-familiale

◼ Dysmorphie crâniofaciale

◼ Malformation cardiaque

◼ Fente palatine ou insuffisance vélaire

◼ Hypoplasie du thymus (troubles immunitaires)

◼ Troubles de l’apprentissage

◼ Dysmorphie craniofaciale

• visage rond
• racine du nez large (est assez évocateur de cette microdélétion)
• fentes palpébrales étroites

TBX1

◼ Caryotype + FISH

◼ 94% de délétions de novo

◼ 6% de délétions héritées

◼ Examen des parents +++

50% si parent atteint et <1% si de novo

• télomère (TTAGGG)
• Subtélomère: contient des gènes
• Sondes subtélomèriques

• étude d'un subtélomère
• de plusieurs subtélomères
• de tous les subtélomères

On a 23 paires de chromosomes (22 paires autosomes et 1 paire gonosome). Pour les autosomes on a des bras courtes et longues qui sont diff. (= gènes différentes). Donc on va avoir une région subtélomèrique dans la partie terminale du chromosome 2 (en haut) qui va être diff. de celle dans la partie du bras longue —> le chromosome 2 va avoir 2 régions subtélomèriques diff. On a 22 paires d’autosome —> 22 x 2 = 44, mais non. On doit pas oublier qu’on a les chromosomes arcocentriques (ils ont des bras longs, avec des régions subtélomèriques spécifiques, mais les bras courtes ne contiennent pas de gènes spécifiques, donc eux ne vont pas avoir des régions subtélomèriques. Donc pour 13,14,15,21,22 on va avoir que une région subtélomèrique).

On avait donc 44 -5 = 39

Ensuite on à les X et Y: se sont des chromosomes (entre eux) très différentes, mais dans les parties terminales les régions sont communes. Les parties terminale du bras courte de l’X et commune à la partie terminale du bras courte de l’Y (et pareille pour le bras long) on les appelles les région pseudoautosomales, car ça ressemble aux autosomes.

Pour tout le reste de la longueur de l’X et l’Y ce sont des gènes qui sont diff. Sauf dans ces régions subtélomèriques ou c’est les mêmes régions sur l’X et l’Y: région pseudoautosomale en Xp terminale Yp terminale et Xq terminale et Yq terminale

Donc là on a des régions subtélomèriques comme pour les autosomes: 39 + 2 = 41 régions subtélomèriques differentes

la majorité des anomalies familiales

◼ Entre la cytogénétique et la biologie moléculaire

◼ Résolution supérieure au caryotype

◼ Etude quantitative et non morphologique

déséquilibre chromosomique, on va pas voir les chromosomes (on les visualise pas)

On va pas pouvoir mettre en évidence une translocation équilibré p.ex

détecter des anomalies chromosomiques (microdélétion/microduplication), comme pour la FISH, sauf que on va pouvoir tester des milliers de régions chromosomiques en une seule fois. On va avoir la possibilité de détecter des anomalies chromosomiques beaucoup plus petites que ce qui peut être détecter grâce a un caryotype ou une technique de FISH.

sur une lame de verre (1x1cm) on a des déposés, des fragments d’ADN, et c’est miniaturisé, on va avoir des déposes qui sont spécifiques à une région donné et donc énormément de fragments d’ADN déposés

Détection de délétions et/ou duplications chromosomiques

des anomalies beaucoup plus petites que celles on peut détecter avec le caryotype ou la FISH. En plus on peut faire une analyse de toute le génome

• ADNs génomique d’un patient et d’un sujet contrôle « normal » marqués de 2 fluorochromes différents

• Co-hybridation sur une puce à ADN

extraction d’ADN, on ne travaille par sur les chromosomes. On fait une prise de sang, on va broiller les cellules, extraire l’ADN et on va le marquer d’une molécule fluorescente (là on rouge pour l’ADN du patient). 

retrouvent en molécules simple brin qui va permettre l’hybridation des acides nucléiques.

s’hybrider sur les séquences d’ADN pour lesquelles elles sont spécifiques (sur le puce ADN).

s’hybrider sur un spot donné pour lesquelles elles sont spécifiques. Vue qu’on à la même quantité d’ADN marqué en vert et en rouge, on aura une fluorescence qui sera autant verte que rouge. Verte + rouge = jaune. On aura donc des spot jaune.

seule copie de la région marqué en rouge. Donc on aura 2x moins d’ADN de cette région là que chez notre ADN témoin. Donc on aura moins de fluorescence rouge et plus de verte —> on aura des spot plus verte que rouge.

3 copies de l’ADN au lieu de 2. Par rapport a notre ADN témoin cette région chromosomique là on aura plus de séquences marqués en rouge qu’on verte. Après hybridation on aura plus de séquence marqué en rouge —> spot rouge

0 = région normale.

supérieur à 0 = duplication chromosomique

négatives