11 MZB I - Sartori

Expression der genetischen Information

Expression der genetischen Information


Kartei Details

Karten 99
Sprache Deutsch
Kategorie Medizin
Stufe Universität
Erstellt / Aktualisiert 08.04.2016 / 05.05.2021
Weblink
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Alternatives Spleissen

verschiedene Subtypen

Aus ein und derselben DNA-Sequenz und dementsprechend ein und derselben prä-mRNA können mehrere verschiedene reife mRNA-Moleküle und durch deren Translation auch mehrere unterschiedliche Polypeptide gebildet werden.

Verschiedene Subtypen:
a. Benutzen alternativer 5’ (donor) splice site
b. Benutzen alternativer 3’ (acceptor) splice site
c. Exon skipping (Ueberspringen von Exons)
d. Mutually exclusive, alternative exons (Kassettenexons)
e. Intron retention (Beibehalten von Introns)

Alternatives Spleissen:

Bsp. Fibronektin

Alternatives Spleissen ermöglicht die Produktion der Fibronektin-Isoformen in der extrazellulären Matrix und im Serum

-> bisher hat man mehr als 20 versch Fibronektin Isoformen entdeckt, die durch Alternatives Spleissen der prä-mRNA eines einzigen Gens erzeugt werden.

Exon shuffling

Prinzip

homologe Rekombination

transposition

Exon shuffling is a molecular mechanism for the formation of new genes. It is a process through which two or more exonsfrom different genes can be brought together ectopically, or the same exon can be duplicated, to create a new exon-intron structure.

Grundprinzip: Viele Exons kodieren eine funtionellen Teil eines Proteins, der autonom faltet, eine sog. Domäne
Theorie: Proteinvielfalt resultiert durch Kombination (“Shuffling”) von Domänen (Exons) nach einem Baukastenprinip

homologe Rekombination:
Austausch von Exons zwischen 2 verschiedenen Genen durch homologe Rekombination (Doppel-Crossover) zwischen Alu Sequenzen (=repetitive DNA Sequenz). Resultat: 2‘neue’Gene

Transposition:
Insertion eines fremden Exons durch Transposition benachbarter homologer DNA-Transposons. Resultat: 2 ‘neue‘ Gene

Homologe Rekombination (HR)

Auftreten

Vorausstezung (auf ebene der DNA), dass HR möglich ist

Bedeutung von HR bei Doppelstrangbrüchen

• HR ist universell, tritt also bei allen Organismen auf
  • während der ‘Konjugation’ in Bakterien
  • während der ‘Meiose’ in Eukaryoten (sexuelle Fortpflanzung)

• Voraussetzung für HR sind Bereiche homologer (dh ähnlicher) Nukleotidsequenzen

• Bei DNA-Doppelstrangbrüchen (DSBs) kann durch HR der Schaden fehlerfrei repariert werden, indem die genetische Information auf dem unbeschädigten Chromatid als Matrize (Template) genutzt wird.

The Holliday model of DNA crossover

-> Repair of the gap can lead to crossover (CO) or non-crossover (NCO) of the flanking regions

-> wichtiger Zwischenschritt des Crossing-overs

DSB Reparatur durch HR in menschlichen Zellen:

Prinzip

s.B.

BRCA1 und BRCA2 

BReast CAncer 1 und 2

BRCA1 und BRCA2 sind Tumorsuppressorprotein (wie p53)
-> BRCA1 and BRCA2 spielen eine zentrale Rolle in der DSB Reparatur (HR) !

Breast Cancer Risk:
1 in 9 women (11%) will develop breast cancer during their lifetime !
2 in 3 women (65%) carrying a mutated BRCA1 gene will develop breast cancer !

Chronisch myeloische Leukämie

Therapie

Konsequenz von Fehlerhaftem Verknüpfen von zwei DSBs;

• t(9;22) Translokation führt zu einem verkürzten Chromosom 22 (sog. Philadelphia Chromosom)
• 95% der CML Patienten weisen ein Philadelphia Chromosom auf
• der Chromosomenbruch liegt im Bereich von 2 Genen, BCR und ABL (Tyrosinkinase)
• das Fusionsprodukt BCR-ABL besitzt dauerhafte Kinase-Aktivität (onkogene Wirkung)
• die Zelle vermehrt sich unkontrolliert (unabhängig von Wachstumsfaktoren) und entartet

• Der Wirkmechanismus von Imatinib besteht in der kompetitiven und selektiven Blockade der ATPBindungsstelle der BCR-ABL Kinase. Damit wird die Übertragung eines Phosphatrestes auf das Substrat (Kinasierung) wird verhindert.
• Imatinib ist das Paradebeispiel für die “gezielte Krebstherapie”, die speziell auf die biologische Eigenarten der Krebszellen gerichtet ist (im Unterschied zu Chemo- oder Strahlentherapie).

Orts-spezifische Rekombination

-> Wo tritt diese art der Rekombination wichtig auf?

Site-specific recombination is a type of genetic recombination in which DNA strand exchange takes place between segments possessing at least a certain degree of sequence homology.[1][2][3] Site-specific recombinases (SSRs) perform rearrangements of DNA segments by recognizing and binding to short DNA sequences (sites), at which they cleave the DNA backbone, exchange the two DNA helices involved and rejoin the DNA strands.

Beispiel: V(D)J Rekombination -> Antikörperdiversität

Antikörper

welche Zellen bilden Antikörper?

Aufbau

Antikörperdiversität

• Antikörper (= Immunoglobuline, Ig) sind ein zentraler Bestandteil des Immunsystems
• Ig werden exklusiv in den B-Zellen (= B-Lymphozyten) produziert
• B-Zellen gehören zur Klasse der weissen Blutzellen (Leukozyten)
• B-Zellen werden im Knochenmark (Bone marrow) gebildet

Struktur der Antikörper:
2 identische schwere (Heavy) Ketten: H
2 identische leichte (Light) Ketten: L verknüpft durch kovalente Disulfidbrücken

Antikörper Repertoire von B-Zellen: ca. 10^9 bis 10^12 verschiedene Antikörper !!!

Antigene

Antigene = körperfremde Moleküle (meist Proteine bzw. Peptide), bakterieller, viraler oder parasitärer Herkunft.

unlimitierte Vielfalt von Antigenen !

V(D)J-Rekombination

Ketten / Prinzip der Zufallsauswahl der Segmente

Die V(D)J-Rekombination (auch als somatische Rekombination bezeichnet) ist ein genetischer Umlagerungsprozess an der DNA von Wirbeltieren, der für dieVariabilität der von den B-Zellen gebildeten Antikörper (auch Immunglobuline genannt), der B-Zell-Rezeptoren, sowie der T-Zell-Rezeptoren sorgt.

Während der Entwicklung einer B-Zelle werden die Gene für die leichten und die schweren Ketten der Antikörper und T-Zell-Rezeptoren als zufällige Auswahlen von unterschiedlichen bereitstehenden DNA-Abschnitten zusammengefügt, rekombiniert.

"Die variablen Anteile beider Ketten (V-Regionen) setzen sich aus verschiedenen Abschnitten zusammen. Dies sind die V-Segmente und J-Segmente im Falle der leichten Ketten und zusätzlich zu diesen beiden die D-Segmente im Falle der schweren Ketten"

2 Typen von leichten Ketten: κ (Kappa) und λ (Lambda)
variabler Abschnitt besteht aus V-Gensegmenten und J-Gensegmenten die beliebig kombiniert werden können

1 schwere Ketten (5 Isotypen, je nach konstanter Region): µ (Mu:IgM), δ (Delta:IgD), γ(Gamma:IgG), ε (Epsilon:IgE), α (Alpha:IgA)
variabler Abschnitt besteht aus V-, D- und J-Gensegmenten die beliebig kombiniert werden können

Signalsequenz bei VDJ Rekombination

Rekombinations-Signal-Sequenzen (RSS)
-> 2 Arten von Erkennungsstellen
  -> 12/23-Spacer-Regel: nur RSS mit unterschiedlich langen Spacerregionen können sich zusammenlagern.

Zusammenlagerung von Kompatiblen RSS

RAG

Kompatible Gensegmente lagern sich über ihre Signalsequenzen (RSS) zusammen

RAG-(= Rekombination-Aktivierendes-Gen) Enzymkomplex:
- RAG1 und RAG2 Proteine werden nur in B- und T- Lymphozyten exprimiert
- erkennt und bindet kompatible RSS Erkennungsstellen der V-, D-, und J- Gensegmente
- Endonuclease Aktivität -> führt zur Bildung von DNA Doppelstrangbrüchen (DSB)

Abschluss der V(D)J Rekombination:

Nicht-Homologe Enden verknüpfung

=> Zusätzliche Antikörper-Diversität entsteht durch Einfüllen von Nukleotiden (Schritte 6+7, ungenaues Prozessieren), die in der Originalsequenz nicht vorkommen (sog. Verknüpfungsdiversität)

SCID

SCID (engl. severe combined immunodeficiency; schwerer kombinierter Immundefekt):

• Sammelbezeichnung für Krankheiten oder ein Syndrom, die als Gemeinsamkeit eine angeborene schwere Störung des Immunsystems aufweisen.
• Häufigkeit: 1:50'000 – 1:100'000 (viele verschiedene Ursachen) • Immundefiziente SCID-Patienten mit Mutationen in RAG und NHEJ (Artemis, DNA Ligase IV, XLF)
• Patienten mit einem NHEJ Defekt sind zusätzlich auch noch sensitiv gegenüber ionisierender Strahlung = Radio-Sensitive (RS-SCID), da NHEJ in allen Körperzellen eine wichtige Rolle spielt bei der Reparatur von DSB.
• Verlauf ist meist tödlich bereits im Säuglingsalter, da die Patienten praktisch ungeschützt sind gegen Infektionen (bubble babies, Isolierung in sterilen Plastikzelten)
• Einzige Chance auf dauerhafte Heilung: Blutstammzellen-Transplantation. Voraussetzung für Transplantationen ist aber eine Ganzkörperbestrahlung zur Zerstörung des Immunsystems, was seinerseits Krebs verursachen kann.

Transposons

Retrotransposons

Ein Transposon (umgangssprachlich springendes Gen) ist ein DNA-Abschnitt bestimmter Länge im Genom, der seine Position im Genom verändern kann (Transposition).
-> Transposition = Verschiebung genetischer Elemente innerhalb des Genoms
-> In Bakterien kommen nur DNA-Transposons vor

Mit dem Begriff Retrotransposon wird eine Klasse der transponierbaren DNA-Sequenzen bezeichnet. Diese trägt ihren Namen aufgrund der strukturellen Ähnlichkeit mit Retroviren. Retrotransposons verwenden RNA als mobile Zwischenstufe. 

-> mobile Elemente ('springende Gene') machen 45% des menschlichen Genoms aus

-> Transposons können Mutationen auslösen

Vermehrung von DNA-Transposons

Prinzip

DNA-Transposons vermehren sich nur, wenn sie in der S-Phase des Zellzyklus von bereits kopierten in nicht-kopierte Regionen springen

-> Dieser auf den ersten Blick “ineffiziente” Mechanismus hat zu immerhin schon 300.000 Kopien (3% der DNA) im menschlichen Genom geführt.

IS elemente

Transposition von IS elementen
-> Prinzip

IS (insertion sequence)-Elemente