RNAi
Funktionelle genomforschung
Funktionelle genomforschung
Was ist RNAi?
= RNA interference
biologische Atwort auf kleine doppelsträngige RNA. induziert seuqenz-spezifisches post-translationales gene silencing (PTGS)
Welche 2 Reaktionsmöglichkeiten gibt es bei RNAi?
- miRNA (microRNA)
partielle Übereinstimmung mit target DNA
--> Translationsrepression
möglicherweise Off-Targte-Effekt
durch Drosha prozessiert - siRNA (small interference RNA)
komplette Übereinstimmung
--> Abbau der target DNA
durch Dicer prozessiert
Wie läuft die RNAi ab?
Initiationsphase
- RNAse III Enzym (Dicer) schneidet dsRNA in 21-23nt kange RNA duplexe (siRNA)
- siRNA hat 5'-Phosphat udnd 3' Überhänge (wichtig fpr RISC assembly)
Effector Phase
- siRNA wird einzelsträngig und in RICS complex eingebaut = effector complex
- effector complex erkennt target DNA durch base-pairing
- schneidet mRNA target mit endonuclease activität
Welche möglichen Ursprünge kann die RNAi haben?
- Gen im Genom
- Gen auf eingebrachtem Plasmid
Welche Strategien zur Nutzung der RNAi gibt es?
- lange dsRNA eingebracht, die von Dicer prozessiert wird
- synthetisierte siRNA direkt eingebracht
- Plasmid, dass DNA für hairpin benötigt eingebracht
transkribiert & von Dicer prozessiert
Welche Möglichkeiten der Repression gibt es?
- verhindert cap-recognition
- verhindert Rekrutierung der 60S untereinheit
- induziert deadenylierung der mRNA --> verhindert Zirkularisierung
- induziert ribosom zum ablösen von der mRNA
- fördert Abbau der mRNA durch deadenylierung und decapping
Welche Off-Target Effekte gibt es?
Wenn DNA nicht richtig gschnitten wird
--> Abwehrmechanismus der Zelle --> gesamte RNA wird abegebaut --> Apoptose
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Cartes-fiches
Was ist RNAi?
= RNA interference
biologische Atwort auf kleine doppelsträngige RNA. induziert seuqenz-spezifisches post-translationales gene silencing (PTGS)
Welche 2 Reaktionsmöglichkeiten gibt es bei RNAi?
- miRNA (microRNA)
partielle Übereinstimmung mit target DNA
--> Translationsrepression
möglicherweise Off-Targte-Effekt
durch Drosha prozessiert - siRNA (small interference RNA)
komplette Übereinstimmung
--> Abbau der target DNA
durch Dicer prozessiert
Wie läuft die RNAi ab?
Initiationsphase
- RNAse III Enzym (Dicer) schneidet dsRNA in 21-23nt kange RNA duplexe (siRNA)
- siRNA hat 5'-Phosphat udnd 3' Überhänge (wichtig fpr RISC assembly)
Effector Phase
- siRNA wird einzelsträngig und in RICS complex eingebaut = effector complex
- effector complex erkennt target DNA durch base-pairing
- schneidet mRNA target mit endonuclease activität
Welche möglichen Ursprünge kann die RNAi haben?
- Gen im Genom
- Gen auf eingebrachtem Plasmid
Welche Strategien zur Nutzung der RNAi gibt es?
- lange dsRNA eingebracht, die von Dicer prozessiert wird
- synthetisierte siRNA direkt eingebracht
- Plasmid, dass DNA für hairpin benötigt eingebracht
transkribiert & von Dicer prozessiert
Welche Möglichkeiten der Repression gibt es?
- verhindert cap-recognition
- verhindert Rekrutierung der 60S untereinheit
- induziert deadenylierung der mRNA --> verhindert Zirkularisierung
- induziert ribosom zum ablösen von der mRNA
- fördert Abbau der mRNA durch deadenylierung und decapping
Welche Off-Target Effekte gibt es?
Wenn DNA nicht richtig gschnitten wird
--> Abwehrmechanismus der Zelle --> gesamte RNA wird abegebaut --> Apoptose
