BC.0114

BMS2 UniFr, HS16

BMS2 UniFr, HS16


L. T.
Diese Lernkarten decken biochemische Prozesse auf Universitätsniveau ab, mit Fokus auf Leberfunktionen, Stoffwechselwege wie den Citratzyklus und Proteinkatabolismus. Sie behandeln Enzyme, Proteine, Metaboliten wie Glucose und Pyruvat sowie Signaltransduktion über Rezeptoren und Phosphoinositidwege. Die Karteikarten sind besonders nützlich für Studierende der Biologie oder Biochemie, die sich auf komplexe Stoffwechselprozesse und zelluläre Signalwege vorbereiten.
Flashcards
87
Students
4
Language
German
Category
Biology
Level
University
Created / Updated
05.11.2016 / 27.04.2023

Flashcards

AS Metabolismus

Was in Bezug auf Arginin speziell?

Wird vom Körper zwar im Harnstoffzyklus synthetisiert, aber danach ausgeschieden. Im Wachstum ist Arginin wichtig und deswegen essentiell (auch "semiessentiell")

AS Metabolismus

Synthese von Alanin, Aspartat, Aspargin, Glutamat und Glutamin

  • Alanin aus Pyruvat
  • Aspargin und ASpartat aus Oxalacetat
    • ASpartat + Glutamin --> Asparagin
  • a-Ketoglutarat zu Glutamat und Glutamin
    • Glutamin
      • aus Glutamat synthetisiert, über Glutaminsynthetase
      • NH-Donor (und Speicher) für Asparaginsynthese

AS Metabolismus

Prolin- und Agininsynthese

  • Glutamat Ausgangsstoff
  • Wichtiges Intermediat: Glutamat-5-semialdehyd: Precursos Pro und Arg
    • kommt auch im Abbau-pathway dieser AS vor, nur wird es dort von anderen Enzymen synthetisiert/weiterverwendet
  • Arginin wird in Harnstoffzyklus synthetisiert und verstoffwechselt ist deswegen nicht wirklich anderswo im Körper brauchbar --> essentiell

AS Metabolismus

Serin und Glycinsynthese

  • Aus 3-Phosphoglycerat
  • Serin wird in Glycin umgewandelt
    • Serin Hydromethyltransferase
    • Glycin cleavace system wird rückwärts verwendet: dient als Methyl-Akzeptor
      • Pro Serin entstehen zwei Glycin-Moleküle

Energiemetabolismus (Bilder hinzufügen, mit Voet vergleichen und ergänzen)

Zeichne Schema der pathways für Weiterverwendung von AS, TAG und Glucose im Körper

  • welche wichtigen Stoffe werden
    • wie gewonnen?
    • wie weiterverwendet?
  • Wo laufen welche reaktionen ab?

  • chemische Flaschenhälse
    • G6P
    • Acetyl-CoA:
      • Abbauprodukt Polysacchs, Lipide und Prot
      • Vorläufer für FS-Synthese
  • Pyruvat:
    • Endprod. Glykolyse, entsteht bei Oxidation von Lactat, Abbau glucogener AS
  • Kreuzpunkte Fett- und Glucoseabbau: Acetyl-CoA

AS

  • Rein ketogene AS (L,K): direkt zu Acetyl-CoA --> können nicht zu Glucose umgebaut werden
  • Glucogene AS: werden über Oxalacetat zu Pyruvat zu Acetyl-CoA oder zu Succinyl-CoA, Fumarat oder a-Ketoglutarat --> glucogen (werden zwar nicht zu Glucose/Glykogen aber zu denselben Abbauprodukten wie Glucose) 

Lage

  • Zytosol
    • TAG-Synthese
      • durch Insulin stimuliert
      • bei Fasten gehemmt
    • PPP
    • Glykogensynthese und Glykogenolyse
  • Mito
    • TAG-Abbau (Enzyme Auf/Abbau dieselben, deswegen nötig Reaktionen örtlich z trennen)
      • abhängig von [freie FS] die mithilfe TAG-Lipase aus Adipozyten freigesetzt werden
        • TAG-Lipasen: gehemmt durch Insulin, aktiviert durch Glucagon & Adrenalin
    • Citrat-Zyklus
    • oxydative Phosphorylierung
  • beides
    • Gluconeogenese
    • AS-Abbau

 

Energiemetabolismus

Welche Rollen nehmen Gehirn, Muskeln, Leber, Niere und Adipozyten im Energiemetabolismus ein?

  • Zeichne Schema
  • erkläre Gehirn

Gehirn

  • für 20% O2-Verbrauchs des Körpers verantwortlich: E nötig zur Wiederherstellung von Membranpotentialen
    • Verbrauch konstant, egal wie stark Gehirn beanspucht wird.
  • weder eigene E-Reserve noch Synthese: auf anderen Organe angewiesen
  • Glucose E-Lieferant erster Wahl, aber kann auch Ketone verwenden

Energiemetabolismus

Muskel

  • Welche funtionellen Unterschiede in Adrenalin, Insulin und Glucagon?
  • Aerobie/Anaerobie
  • Ermüdung

Muskel

  • E-Quelle: Gluc aus Glykogen, FS und KetKörp (beta-hydroxybutyrat)
    • ATP (4s, anaerob)
      • PhCratin (7s, anaerob)
        • Glykogen + Anaerobie wenn nötig
          • oxidative Phosphorylierung (aerob) + Anaerobie wenn nötig
  • E-Lieferant
    • nur in Form von AS
      • vor/nach? Abgabe FS aus Adipoz
      • Abgabe Alanin in Blut, das in Leber zu Pyruvat wird
    • nie in Form von Glucose
      • enthält weder G6Phosphatase noch Glucagonrezeptor --> kann keine eigene Glucose synthetisieren (aber Glykogensynthese schon!)
    • Adrenalin-Rezeptoren vorhanden: reguliert Auf/Abbau Glykogen (in Leber gleiche System nur mit Glucagon als Signalgeber) --> Muskel Glucagon-unabhängig: Muskelarbeit auch bei Energiemangel (hohe [Glucagon]) möglich, weil E in Muskel gespeichert bleibt und mobilisierung dieser durch anderen Botenstoff als Glucagon gewährleistet
    • Adrenalin wirkt unabhängig von Glucagon und Insulin: beispiel an PFK2
      • Herz: Adrenalin aktiviert über [cAMP]↑ die PFK2: Glykolyse sowie Glykogenabbau --> E-Verbrauch
        • PFK wird nicht èber Phosphorylierungen reguliert (=entweder aktiv oder inaktiv?)
      • Leber: Glucagon verringert über [cAMP]↑ die PFK2: Gluconeogenese und Glykogenabbau --> Glucoseabgabe
    • Aerobie/Anaerobie
      • exercice intense: 25x höhere O2-Verbrauch (Ruhe 30% O2 des Körpers)
      • Abbau G6P aus Glykogen übersteigt max. Geschwindigkeit des Citratzyklus und oxPhosph bei weitem! --> Pyruvat wird anaerob zu Lactat abgebaut, wenn letztere nicht mehr folgen können
        • in anaerobie laufen auch aeroben pathways, nur werden sie durch anaeroben übertönt
        • Sauerstoffschuld: Lactat wird in Leber über Cori-Zyklus zu Glucose recycelt (=gluconeogen). gluconeogenese läuft immer aerob ab (ATP-abhängig). Dh in anaeroben Vorgängen fehlende O2 wird später verbraucht, um Lactat wieder in Glucose umzuwandeln.
    • Muskelermüdung
      • Schutzfunktion
      • bedingt durch pH-Abfall sowie erschöptem ATP-Vorrat

pH sinkt weil Protonen in Glykolse freigesetzt werden

Energiemetabolismus

Adipozyten

  • funktion
  • Synthese, Kontrolle und Mobilisierung von TAG
  • Übergewicht

  • funktion: E-Reserve und Homöostase über E-lieferung (nach Leber zweitwichtigstes Organ dafür!)
  • Fette in form von TAG gespeichert
    • erhält FS aus Leber, die mit Glycerol3Phosphat zu TAG verestert werden
    • G3P stammt aus Glykolyse oder Gluconeogenese im Fettgewebe --> Glycerin nicht endogen phosphorylierbar, Kinasen dafür fehlen! --> Adipos angewiesen auf Glucose
    • Regulation
      • TAG hydrolisiert wenn Insulin/Glucagon oder Adrenalin signalisierend wirken
      • viel G3P (guter Ernährungszustand) --> Veresterungen nehmen zu, hingegen werden FS mobilisiert wenn wenig G3P vorhanden
  • Übergewicht
    • Adipozyten streben gewissen Füllungszustand an
      • wird dieser überschritten differenzieren sich neue Adipozyten
        • Übergwicht: mehr Adipozyten in Zahl, nicht in Füllungszustand
          • Modulieren Hungergefühl über Metabolismus (erhöhen Set-point)
      • wird diser unterschritten wird Differenzierung nicht rückgängig gemacht
    • Set-point bei Adis zu hoch: Ungleichgewicht zw. Nahrungsaufnahme und Körpergewicht --> Instandhaltung Balance entgleist
      • Reduktion Nahrungseinnahme auf Normal mit wird Hungersymptomen beantwortet

Energiemetabolismus

  • importance de le beurre
    • import verschiedener Stoffe: wie geregelt, welche Stoffe?
  • importance de G6P et de TAG

Funktionen und E-Lieferanten der le beurre

  • Blutglucose konstant halten (~6 mM)
    • schwankt zwischen 4 - 11mM (respektive Nachts und nach Carb-reichen Mahlzeit)
    • Glykogenspeicher reicht für ca. 6h, danach Gluconeogenese aus AS
  • Glucoseaufnahme
    • Glukokinase: tiefere Affinität für Gluc als Hexokinase, wird nicht von G6P inhibiert
      • anderen Gewebe sollen zuerst versorgt, Leber erst wenn diese gesättigt
      • Leber kann Glucose selbst synthetisieren, Bedarf gluc-Zufuhr geringer
    • direkt, weil Hapytozyten für Glucose permeabel sind --> Insulinunabhägige Aufnahme
    • Umwandlung zu G6P in vivo kaum sättigbar --> je höher Blutgluc desto mehr G6P gebildet
  • Aufnahme anderer Zucker (Fructose, Galactose & Mannose): auch zu G6P phosphoryliert
  • Aufnahme Lactat: verwendet für Gluceoneo- und Lipogenese sowie oxPhosph.

Energiequellen le beurre

  • Glucose oder FS bei hohem E-Bedarf des Körpers (Ketokörper in Leber nicht verwertbar!) --> dienen beide als Acetyl-CoA-Quellen

G6P

  • zu glucose
  • zu Glykogen wenn genügend Glucose vorhanden
    • Glucagon/Adrenalin hoch --> Prozess gestoppt
  • zu Acetyl-Coa, das zu Grossteil der FS-Synthese dient
  • G6P kann in PPP, dadurch wird NADPH gewonnen, das le beurre gut für FS und Nukleotid Biosynthese verwendet

TAG

  • Hoher E-Bedarf (tiefe Blutgluc): FS zu Acetyl-CoA zu Ketonkörper --> E-Versorgung Peripherie gewärhleistet
    • Carnitin palmitoyl transferase I aktiv: FS-Biosynthese ausgeschaltet und dafür mitochondriale Biosynthese Ketokörper aktiv
    • Glucokinase-Aktivität unter diesen Umständen reduziert: Ausfluss von Glucose in Blut 
  • Niedriger E-Bedarf (hohe Blutgluc): FS als VLDL mobilisiert um TAG-Synthese in Adipozyten anzuregen
    • Carnitin palmitoyl transferase I inaktiv: Mitochondrien können keine FS aufnehmen.
      • hapatozytischer Acetyl-Coa-Bedarf über Glykolyse gedekt

Energiemetabolismus

  • Hormonelle Kontrolle
    • wichtige Mediatoren und ihre Wirkungen
    • Patho
  • Zeichne Schema für interorganellen E-Metabolismus zw. Leber, Adipozyten und Muskel
    • bei Hungerzustand
    • nach Nahrungsaufnahme

 

Insulin: E-Speicher in Fett und Muskel aufbauen

  • Glucose wird in b-Zellen dank Glucokinase zu G6P, das zu Pyruvat wird --> Signal für Insulinfreisetzung
  • reguliert und nichtregulierte Kanäle
    • GLUT4 in Vesikeln, die sich in membran einbauen
      • Insulin/Glucagon sensitiv
    • GLUT1: Insulinunabhängig, Gehirn
    • GLUT2: auch insulinunabhägig, bidirektinaler Transport, in Lebergewebe
      • Insulin hemmt in Leber Prozesse die bei hoher [Gluc] keinen Sinn machen: Gluconeogenese und Glykogenolyse
    • Rezeptor: Rezeptor Tyrosin Kinase aktiviert über RAS-Kaskade Genexpression
      • Diabetes Typ II (insulinunabhängig, insulinresistent) beruht auf defekter Signaltransduktion oder Rezeptorexpression
        • Ursachen
          • Überessen: Insulinrezeptor-Synthese überlastet --> mit Zeit weniger davon synthetisiert
          • chronische Hyperglycämie: sensig von noch höheren Blutgluc-Werten erschwert
          • Übergewicht: [FS]pl erhöht bei Adis, was Insulin-signaling beeinträchtigt 

Glucagon

  • keinen Effekt auf Muskel
  • Rezeptoren: Rs-Rezeptor bewirkt über den second mesenger cAMP eine zelluläre Antwort (Phosphorylierung der PKA?)
    • b-adreneger Rezeptor involviert

Adrenalin (=Epinephrin)

  • einzige positive Wirkung auf Gluconeogenese
  • Rezeptoren: a-adrenerg oder Rs-rezeptor für Glucagon --> bewirkt in beiden Fällen zelluläre Antwort (=schnell!)

Energiemetabolismus

Metabolische Homeostase

  • AMP-Kinase
    • Wie wird AMPK reguliert?
    • Welche Effekte hat eine AMPK-Aktivierung?

AMP-Kinase

  • über [AMP]/[ATP] reguliert --> viel AMP Zeichen für E-Depletion, also Einschalten der AMP-Kinase umvorATP-Mangel zu schützen (schlatet unnötige pathwaysab)
    • AMP-Kinase wird durch LKB1-Kinase (liver Kinase B1) über Phsophorylierung aktiviert
      • LKB1 reguliert über Adiponectin: zirkulierendes, von Adipozyten abgegebenes Peptidhormon, das AMPK-Phosphorylierung fördert
        • Viele Adipozyten führt zu wenig Adiponectin, weil dieses von TNFalpha reduziert wird,das bei hoher Adipozytenzahl stärker vorhanden ist
    • AMPK inhibiert bei hoher [AMP]
      • unnötige Cholesterin und FS-Biosynthese, um Zelle vor E-Mangel zu schützen
        • deaktivierung relevanter Enzyme der Lipo- und Gluconeogenese über Phosphorylierung derjenigen
      • Lipolyse in Adipozyten: HSLipase spaltet keine FS aus TAG in Adipoz mehr frei --> [FS]pl sinkt, was u.a. Insulinsensing verbessert
    • AMPK fördert bei hoher [AMP]
      • ATP-Synthese: ischämische Herzmuskel schaltet dank AMPK auf anaerob um. Dabei wirkt diese auf PFK2
      • FS-Oxidation indem acetyl-CoA Carboxylase inhibiert wird
        • weniger malonyl-CoA --> weniger Carnitin Palmitoyl transferase I Inhibierung: mehr FS-Oxidation weil apportan Palmoyl-CoA zunimmt
      • Glucoseaufnahme in Skelettmuskel
        • GLUT1 & GLUT4 Expression erhöht --> Insulinausschüttung wird amplifiziert: mehr Gluc-Import für gleich viel Insulin

Energiemetabolismus

Metabolische Homeostase

  • Leptin
    • Funktion
    • Antagonisten des Leptins?

Leptin

  • zirkulierender Faktor,wirkt im Hypothalamus
    • hemmt auftreten von Hungergefühl
    • Rezeptoren (OB-R) auf versch. Neuronenpopulationen des Hypothalamus exprimiert
      • Leptin-Resistenz bei Übergewicht möglich --> Serum-Leptin hoch
      • Leptinrezeptor funktioniert über JAK/STAT-Signalweg: STAT wirkt im Zellkern als TF
    • kann injiziert werden: führt in Mäusen zu Gewichtsverlust
  • genetisch durch OB-Gen codiert,nur in Adipozyten exprimiert
    • Informiert über Zustand der Fettreserven: wenig Fett wenig Leptin --> viel Hunger

Neuropeptid Y

  • Antagonist von Leptin und Insulin --> stimuliert Appetit
    • Leptin-resistenz bzw. tiefe Leptin-Antwort führt zu erhöhter [NPY]
  • von Hypothalamus sezerniert
  • Struktur: 36AS, C-Term aminiert

Gastrointestinale Hormone:

Ghrelin (Akronym: growth hormone release inducing)

  • Ser auf Pos.3 mit C8-Kette ergänzt --> garantiert Aktivität Ghrelins
  • Stimuliert
    • Appetit: [Ghrelin] nimmt bei Fasten(Schlafmangel zu
    • Wachstumshormonfreisetzung

PYY3-36

  • aus Ileum proportional zu kal-Aufnahme sezerniert
    • v.a. Fette regen Freistzung an
  • nimmt bei Fasten zu, postprandial ab --> reduziert Appetit
  • physiologische Wirkungen vgl Bild
    • gründsätzlich wird gute/vollständige Verdauung gefördert

Energiemetabolismus

Hungeregulation

  • Welche Faktoren wirken nebst Peptidhormonen auf Hunger?
    • Wie wirken diese (über welche Enzyme) und welche Stoffe dienen als Mediatoren?

Nahrungsabhängige Signale

  • lange FS-CoA Indiz für Nahrungüberschuss
  • AMPK
    • aktiv wenn
      • Nahrungsmangel (viel AMP) --> FS-Oxidation nimmt zu
      • Ghrelin prädominiert
    • soalnge AMPK aktiv, wird mTOR (mechanistic Target of Rapamycin) inaktiviert
      • mTOR für Leptinsynthese wichtig--> mTOR inaktiv = weniger Leptin
      • mTOR wird ebenfalls durch Ghrelin und AS inhibiert
    • inaktiv wenn: Insulin/Leptin prädominieren

Energiemetabolismus

Wie wird Sättigung reguliert?

  • Wichtige anatom. Strukturen
  • Neuronale circuits und Folgen von Dysfunktion zwischen denjenigen?
  • Rolle und Unterschiede zw. Leptin und CCK

 

Nucleus arcuatus beheimatet zwei Neuronenpopulationen

  • AgRP/NPY: fördern Hunger über NPY-Sekretion
  • POMC/CART: hemmen Hungergefühl aber erhöhen E-Metabolismus
  • Enflussnehmende Peptidhormone vgl Bild (Rezeptoren zeigen, welche Stoffe andocken können)
    • AgRP/NPY-Neurone hemmen sich selber, wenn sie das Hungergefühl fördern
    • GG zw. Hunger und Sättigung wird durch Insulin&Leptin, ghrelin und PYY geregelt

Hypothalamic neuronal circuits

  • zwei Neuronenpopulationen projezieren auf
    • PVN: paraventrikulärer Nukleus: verantwortlich für Hungegefühlsenkung
    • lateralen Hypothalamus: erhöht Hungergefül
      • diese wiederum beeinflussen Belohnungssystem sowie Sättigungssystem
        • befindet sich dieses nicht in GG --> physische&psychische Patho (Übergewicht+Depression)
        • kompulsives Verhalten: Störung des Belohnungsystems --> Sucht
  • Aktivität der circuits bzw. Hungergefühls unterliegt Zirkadianrythmus (Freistzung Fetten aus Leber, Sonnenlicht)

Leptin & CCK

  • Leptin erreicht ARC im Hypothalamus über Blut, CCK stimuliert hingegen NTS über n. vagus
    • leptin kann auch NTS ereichen, CCK hingegen nur NTS
  • beide hemmen Hungergefühl: Neurone integrieren Signale --> ein einziges Resultat

Energiemetabolismus

Adaptative Thermogenese

  • Wichtiges Protein
    • Lokalisation
    • Funktionsmechanismus

Thermogenin

  • in mitochondrienmembran eingebauter ionenkanal
  • in Mitos des braunen Fettgewebes lokalisiert

Nahrungsinduzierte Thermogenese

  • postprandial wird Grundumsatz erhöht, um einerseits Absorbtion zu gewähleisten, andererseit um Fettleibigkeit zu verhindern.

Kälteinduzierte Thermogenese

  • Thermogenin wird aktiviert und verursacht vorübergehenden Kurzschluss des Protonengradienten zwischen äusserer Membran und Matrix
    • Ox. Phosph bleibt stehen
    • Reibung durch Protonenfluss erzeugt Wärme
  • Thermogenin wird inaktiviert sobald Mito freie FS-Reste oxidiert --> Ox.Phosph setzt sich wieder in Gang

Energiemetabolismus

Anpassungen des E-Metabolismus

Fasten

Absorbierte Stoffe werden schneller verstoffwechselt als sonst

  • Glucose
    • gelangen in Glykolyse oder Glykogen/FS-Synthese
    • Gluconeogenese aus Glykogen versorgt Körper mit Glucose, solange noch nicht in ketogenem Metabolismus
  • Fette
    • in b-Oxidation oder TAG-Speicher
  • AS
    • können nicht gespeichert werden --> Glykogen- und Proteinsynthese
    • dienen vor Adipozyten und nach Glykogen als E-Quelle:
      • Glycerol aus Proteinabbau als antrieb für Gluconeogenese
        • Glycerol kann auch aus TAG synthetisiert werden. Dabei entstehen zusätzlich freie FS --> diese können NICHT in Gluconeogenese eingelscheust werden, da Pyruvat nicht aus Acetyl-CoA synthetisiert werden kann.
        • Problem: Muskelabbau vs. Nahrungssuche (Bewegung nur mit Muskeln möglich). Lösung: Ketogen
  • Ketogenese
    • FS zu Acetyl-CoA zu Ketonkörpern
    • Muskelabbau nimmt wieder ab, Fettreserven werden verwendet
      • Überlebenszeit abhängig wie gross Reserve zu Beginn der Ketogenese ist
    • Hirn beginnt Enzyme zu synthetisieren, um Ketone zu verwerten
    • (verlängert Lebensdauer bei Nagern, hemmt Krebszellenwachstum)
    •  

N2 Assimilation

Erkläre ersten Teil der Stickstoffassimilation

  • wichtige Enzyme
    • Aufbau
    • Lokalisierung
    • Mechanismus derer Funktion
  • wichtige Edukte/Produkte

N2-Assimilation

  • Nitrat-Assimilation
    1. Nitratreduktase
      • Reduziert Nitrat (NO3) mithilfe 3 Prost.gruppen
        • Häm, FAD, Pterin: können 2 é aus NADH übernehmen und auf NO3 übertragen (reihenfolge vgl Bild!)
      • Dimerisch Aufgebaut (2 x 3 prosth-Gruppen)
      • im Zytoplasma
      • Reguliert über Dessourcenverfügbarkeit: Licht, Carbs, Stickstoff
    2. Nitritreduktase
      • wieder Reduktion, diesmal von Nitrit (NO2) zu Ammoniak
      • In Chloroplasten
        • Aufnhame von Nitrit durch spezielle Transporter
      • 2 prosthetische Gruppen: Ferredoxin und Eisen-Schwefel-Cluster
      • Elektronen:
        • é-Überträger: Ferredoxin
          • stammt aus pflanzlichen Atmungskette in Chloroplasten
          • wird dank in Photosynth generiertem NADPH recyclet
        • é-Quelle: Sonnenlicht bzw Photosynthese
  • Ammonium-Assimilation

N2 assimilation

Erkläre zweiten Teil der Stickstoffassimilation

  • Welche Enzyme katalisieren diesen?
  • wie können entstandene Stoffe weiterverwendet werden?
  • wie werden benötigte Stoffe bereitgestellt?

 

Ammonium Assimilation amk!

  1. GS: Glutamin-Synthetase
    • NH4 über Ligase auf Glutamat gebunden --> Glutamin
    • ATP-Verbrauch
  2. GOGAT: Gluthamin-2-Oxoglutamat-Aminotransferase
    • Glutamin + 2-Oxoglutarat --> 2 Glutamat
      • 2-Oxoglutarat stammt aus transaminierung von Glutamat mit Oxalacetat. Dabei entsteht zusätzlich auch Aspartat.
        • Für diese Transaminierung ist Vit B6 nötig
        • Aspartat wird über Malat-Aspartat-shuttle aus Mitos exportiert
        • Aspartat dient Asparaginsynthese, bei der ebenfalss Glutamat entsteht
    • é gesponsert by Ferredoxin oder NADH
    • Transferase

Assimilation von Ammonium über GS & GOGAT ist gleiche Reaktion wie GDH in Mitos von Säugern. Pflanzen haben ebenfalls GDH.

N2 Fixierung

  • Welche Pflanzen fixieren wie Stickstoff?
  • Wichtiges Enzym & Bedigungen?

Fixierung immer über mutuelle Symbiose: Bakterium synthetisier Hämgruppe, Pflanze Proteinbackbone des LegHb. keine Symbiose = fehlender Bestandteil des LegHb --> keine N2-Fixierung

Azolla-Anabaena (Cyanobakterium): in Vakuolen der Algenblätter

Soja-Rhizobium (kann auch mit anderen Leguminosen symbiotisieren)

  • Symbiose:
    • Chemotaxis über Flavonoide
    • Bakterium ändernt eigenen metabolismus und beginnt, Nod-Faktor freizusetzen, der an Lektinen andockt und als TF in pflanzlichem ZK wirkt: Einnisten/Infizieren der Pflanze durch Bakterium nun möglich
      • Einnisten inter- oder intrazellulär, je nach Spezies
      • Nod-Faktor durch Nod-Gen codiert, das erst über Flavonoid+Nod D (Promotor?) aktiviert wird

N2-Fixierung

  • unter Abwesenheit von Sauerstoff: in Heterozytsen oder Knöllchen
    • N2-fixierende Bakterien leben anaerob
    • Photosynthese läuft unvollständig ab: dadurch wird zwar ATP aber kein O2 gebildet
  • Nitrogenase fixiert N2 aus Luft, sobald keine andere N2-Quelle zu Verfügung steht
    • Differenzierung von Heterozysten bei N2-Mangel
    • N2 --> NH3 + H2 + H3PO4 (Phosphorsäure)
    • sehr E-aufwändig: 16 ATP pro synthetisiertem NH3-Molekül
      • endergon, hohe aktivierungs-E wird typischerweise durch Nitrogenase verringert
    • Nitrogenase-Enzymkomplex:
      • zwei Untereinheiten
      • é für N2-Reduktion aus Ferredoxin stammend
      • genaue Mechanismus unklar

AS Metabolismus

  • Synthese von: M, K, T
    • wichtige Zwischenprodukte und Enzyme

 

  1. Ausgangstoff: Aspartat
    • ATP-Verbrauch
    • Für K,L, M fungieren unterschiedliche Aspatokinasen: individuelle Regulation möglich
  2. wichtiges Intermediat: b-aspartat-semialdehyd
    • kann direkt zu Lysin weiterverstoffwechselt werden
    • kann unter NADPH-Verbrauch zu Homoserin weiterverstoffwechselt werden, das wiederum Vorläufer ist für
      • Threonin
      • Methionin
        • Methionin wird aus Homocystein (das von Homosiderin stammt) synthetisiert, das:
          • dank THF eine Methylgruppe erhält
          • B12 abhängig ist
          • in Säugern häufig in SAM-Synthese übergeht

AS Metabolismus

  • Die Synthese von Valin ist gekoppelt mit derjenigen von ... ?
  • Wichtige Enzyme: was an diesem Synthesepathway in bezug auf Enzyme speziell?
  • Welche Intermediate entstehen und was ist der Ausgangstoff?

  • Ausgangstoff: Pyruvat
    • wird über acetolactat-Synthase decarboxyliert, wodurch instabiles Hydroxyethyl entsteht
      • wird über TPP resonanz-stabilisiert (TPP Teil der acetolactat-synthase
      • Acetolactat-Synthase VitB1 abhängig
    • Speziell: Acetolactatsynthase katalysiert/verbindet zwei verschiedene Pathways
      • Valin & Leucin pathway
        • a-ketoisovalerat wird von Valinaminotransferase zu Valin verstoffwechselt
        • leucin hat eigene Leucinaminotransferase
      • Isoleucin pathway
        • ebenfalls Valinaminotransferase! synthetisiert aber Isoleucin aus a-keto-b-methylvalerat
          ==> Substrat entscheidet über Enzymwirkungder Valinaminotrnasferase

AS-Metabolismus

Welches Glucosederivat dient dient der Synthese welcher AS?

PEP dient als Vorläufer von Tyrosin, Triptophan und Phenylalanin

  • Chorismat
    • wird zu Phrephenat: unmittelbarer Vorläufer Phenylalanin und Tyrosin
      • Phenylalanin kann durch Hydroxylierung zu Tyrosin konvertiert werden
    • oder zu Anthranilat
      • Reaktion Glutaminabhängig
      • wird zu Indol-3-glycerolphosphat
        • Triptophansynthase übernimmt nun zwei Teilrekationnen mit verschiedenen UE
          • alpha-UE: nichts Spezielles
          • beta-UE: PLP abhängig

 

AS Metabolismus

Histidinsynthese

  • Vorläufer
  • Zwischenprodukte
  • ein Wichtiges Enzym

  • aus PRPP und ATP
  • Glutaminaminotransferase erzeugt zwei Produkte
    • imidazolglycerolphosphat als direkter Vorläufer von His
    • anderer Stoff, der in Putin biosynthese eingeschleust wird

AS Metabolismus

Häm

  • Vorläufer
  • Welche Stoff nötig zur Biosynthese
  • Lokalisation
  • Pathos
  • Abfallprodukte der Biosynthese

  • Wird aus Glycin und Succinyl-CoA synthetisiert
    • durch ALA-Synthase zu ALA verstoffwechselt
      • zwei ALAs bilden ein Porphobilinogen (PBG)
      • ALA-Synthase Schrittmacherenzym und reguliert durch Häm-Feedback
      • Häm wird letzdendlich durch Ferrochelactasein Mito zusammengesetzt
  • benötigt PLP zur Biosynthese
  • Findet in Mitos und Cytosol verschiedener Gewebe statt
    • Nur Erythrozytenvorläufer verfügen über wichtigen Enzyme
    • Leber auch involviert
      • Porphyrien: Mutationen gewisser Enzyme
  •  CO2 und NH3 als Abfallrpodukte der Häm-Biosynthese

AS Metabolismus

bioaktive Stoffe und deren Vorläufer

  • Welche AS werden zur Synthese welcher Stoffe verwendet?
    • Mechanismus
    • Enzyme

  • Tyrosin --> L-DOPA, (Nor)Adrenalin und Dopamin
    • Je nach Gewebe verfügen Zellen Enzyme zur Weiterverarbeitung einer Substanz oder nicht. Wird zB Norepinephrin synthetisiert sind alle Enzyme bis auf das letzte vorhanden.
      1. hydroxylierung
      2. Decarboxylierung (immer PLP-abhängig
      3. Hydroxylierung
      4. Methylierung
  • Glutamat --> GABA
  • Histidin --> Histamin
  • Arginin --> NO

Lipidmetabolismus

ergänze folgende tabelle zu Blutplasmakonzentrationen

vgl Bild

Lipidmetabolism

  • Endogene Cholesterolsynthese
  • Hypercholesterinämie
    • klassisches Behandlungsschema bei Hypercholesterinämie
    • relevante Medikamente

Endogene Cholesterolsynthese

  • alle C-Atome aus Pyruvat gewonnen
  • Vorläufer: Acetyl-CoA --> wird zu β-HMG-CoA
    • HMG-CoA-Reduktase (nicht zu verwechseln mit HMG-CoA-Synthase!)
      • kompetitiv hemmbar (bei Hypercholesterinämie) durch Statine: Lipitor, Crestor, Zetia
        • natürliche Statine vorkommend in monascus purpureum (in rot fermetiertem Reis): lovastatin, monacolin K
  • Isoprenderivate werden weiterverstoffwechslet zu Gerany-l (C10) und Farnesyl-pyrophosphat (15): bilden gemeinsam cyclische Stuktur des Squalens, aus dem letztendlich Chol. entsteht
    • Squalen: 30 C-Atome
    • Chol: 30 C-Atome

Hyperchol.

  • Medikamentcocktail reduziert Blutcholesterin um 50-60%
    • Statine zur hemmung der de novo Synthese
    • Ezetimibe (Zetia) zur Verringerung der Fettresorbtion in Darm
    • Cholestyramine zur Bindung und Ausscheidung von gallensalzen im Darm
      • stark basischer Anionentauscher: bindet Gallensäuren unwiederruflich an ein Netzwerk aus Polymeren im Austausch mit Chlorid-Anionen --> gebundene Gallensäuren werden aus Darm rausgesch(m)issen

Lipidmetabolismus

Cholesterinhomeostase

Regulation Cholesterinsynthese

Regulation Cholesterolhomeostase

  • proteolytisch
    • SSD: Sterol-sensing-domain der HMG-CoA-Reduktase, in Plasmamembran eingebaut
    • SSD: nimmt Sterole aus ER auf (vermehrt vorhanden je höher [Chol]) --> Bindung Sterol+SSD bewirkt Konformationsänderung
      • Katalytische Eigenschaft der aktive site der HMG-CoA-Reduktase geht verloren: [Mevalonat] sinkt
      • Durch Ubiquitinierung wird HMG-CoA-Redukatse abgebaut
  • über Transkription
    • wenig Chol. in ER
      • SSD frei,wodurch Serin-Protease (S1P) a-loop des SREBP (2 TransMembrDomänen) durchtrennt --> basic Helix-Loop-helix kann sich in membran bewegen
      • bHLH erreicht Metallprotease und wird dadurch löslich-->wandert in ZK und bindet an SRE: Transkription von LDL-Rezeptor-genen und HMG-CoA-Reduktase&Synthase--> fördern endogene C-Synthese und verbessern C-Aufnahme
  • zelluläre Mechanismen
    • ACAT: Verestern freies Czu CE, das in Lipidtröpfchen gespeichert wird
    • ABCA1
      • Transportprotein
      • bei Tangier mutiert!
      • erhöht [HDL] indem Lipiddomänen auf zellulärer membranoberfläche mit C und Phospolipiden aus Zellinneren angereichert werden. Lipiddomänen speisen HDL

Lipidmetabolismus

Gallenflüssigkeit

  • Zusammensetzung
  • Enterohepatischer Kreislauf

Zusammensetzung Gallenflüssigkeit

  • Cholesterin
    • Ausfallen von Cholesterin sobald Gallensäure zu Cholesterin 13:1unterschreitet
  • Phosphatidylcholin
  • Gallensäuren
    • amphiphil: ermöglichen Lipasen in wässriger Umgebung Fette zu zerschneiden
    • primäre: Cholat, Chenodesoxycholat
      • Konjugiert mithilfe Taurin oder Glycin
    • sekundäre: Desoxycholat, Lithocholat. über Darmfloraaus primären GS synthetisiert
    • zirkulieren im Enteroheptischen Kreislauf 4-10mal/Tag: werden aus Ileum als dekonjugierte GS absorbiert und mithilfe Albumin wieder in Leber geschleust

Lipidmetabolismus

  • Was sind LXL/FXR?
  • Wofür sind diese wichtig?

Dienen beide der Fett und Chol. Homöostase, wirken als TF. Werden über Oxysterolkonz reguliert.

LXL: Liver X receptor

  • TF
  • erhöht bei hoher [Oxysterol] (oxidiertes Cchol-Derivat) die Cholest-Ausscheidung und trägt dadurch Chol-homeostase bei
  • erhöht ABCG5&8 Präsenz in Kanalikuli, die Chol nach apikal ausscheiden

FXR: Farnesoid X receptor (=BAR: bile acid receptor)

  • v.a. in Leber und darmtrakt vorhandener Rezeptor für mehrere Gallensäuren
  • wirkt als TF nachdem Bindung eingeht
    • synthetisierte Protein (SHP) hemmt Gallensäurenproduktion über Inhibierung der cholesterol 7 alpha-hydroxylase (CYP7A1, schrittlimitierende Enzym)
    • erhöht Menge an MDR2 in Kanalikuli

Lipidmetabolismus

  • Welche wichtige Rolle übernimmt Cholesterol im Gehirn?
  • Wie wird Chol im Gehirn verarbeitet und in welcher Form/aus welcher Quelle bezieht es sein Cholesterin?

  • Chol überwindet B/H-Schranke nicht --> gehirn verfügt über eigene Chol-Homöostase-Regulation
    • 24S-hydroxycholesterol kann B/H-Schranke bidirektional überqueren
    • Gehirn angewiesen auf CYP46A1, um 24S-hydrox... zu synthestisieren
      • knockout: Lernunfähigkeit bzw Chol-Homöostase im Gehin gestört
  • Chol-Quelle: extrahepatische Zellen

Lipidmetabolismus

  • Nebst der Membranflexibilität kann Chol auch verwendet werden für...?
    • welche Wirkungen hat Chol in diesem Sinne?

Steroidogenese

  • viele Hormone/Botenstoffe aus Chol synthetisiert
    • diese binden an nukleäre Rezeptoren, die wiederum TFs rekrutieren --> Chol wichtig für Gentranskriptionsregulation
  • in Nenebnnierencortex synthetisiert, über Hypoth/Hypoph. reguliert/sezenriert und über Leber abgebaut

Cell signaling

G-Proteine

  • Wie können G-Proteine aufgebaut sein?

heterotrimerisch

  • α,β,γ-UE
    • α
      • GTPase Domäne, ähnlich derjenigen der monomeren G-Proteine
        • bindet GDP in inaktivem Zustand, wird durch GEFs aber aktiviert. GEF kann entwededer der rezeptor selber sein oder vom rezeptor rekrutiert werden (tricky shit!)
      • zusätzlich auch helicale Domäne, heterotrimer-spezifisch
      • dissoziiert vom bety-gamma-Komplex nach Aktivierung
      • kann aktivierend oder inhibierend auf Effektor (Adenylatcyclase) wirken
      • kann durch Cholera- oder Pertussistoxin inhibiert werden
    • βγ-Komplex
      • wird Gβγ genannt, dissoziert nicht vom G-Protein und zerfallen nicht in getrennte β- und γ-UE
      • kann GDI sein: in dem Fall wird Gβγ den Gα nur dann binden können, wenn dieser als Gα-GDP vorliegt
  • verschiedene Heterotrimere können mit versch. Rezeptoren interagieren

monomerisch

  • zB Ras
  • gehen von einer inaktiven, GDP-gebundenen Form im Cytosol in eine aktive, GTP-gebundene Form an der Plasmamembran über

Cell signaling

G-proteine können von vielen verschiedenen Liganden stimuliert werden.

  • Wie und worauf wirken diese, nachdem sie aktiviert wurden? 
  • Welche Mechanismen bewerkstelligen die darauf folgende Inaktivierung?

wirken auf: PLC (anderes Kärtchen), Adenylatcyclase (AC), ...?

AC

  • positiv: durch GTP-Gsa
    • nach Aktvierung über GTP-Hydrolyse wird Switch II reorientiert, wodurch entstandene Gsa-GDP sich ablöst und keine erneute Aktivierung möglich ist, solange AC nicht reaktiviert wurde (geschieht über andere proteine)
      • Reaktivierung: sobald Ga-GTP zu Ga-GDP hydrolisiert wurde reassoziiert es mit by-Komplex --> Konformationsänderung und GPCR+G-prot ready für nächsten Liganden
      • Phosphodiesterasen degradieren cAMP (hydrolyse)
  • negativ: durch GTP-Gia
    • bindet an andere Stelle als Gsa-GTP
    • hemmt AC-Aktivität durch Reorientieren der katalytischen AS
  • AC empfängt Reize mehrerer G-proteine, die in eine einzige Antwort integriert werden

Cell signaling

Phosphoinostid-Kaskade

  • Welches Enzym löst Kaskade aus?
    • Aufbau
    • Ausgangs- und wichtige direkt oder indirekt freigesetzte/aktivierte Botenstoffe

Aktivieren der Phospholipase C (PLC)

  • Epinephrin wirkt zb auf Phosphl. C statt auf AC
  • kann lipophile sowie hydrophile 2nd messenger generieren:
    • Ausgangstoff: PIP2
      • 2nd messenger: IP3 (hydrophil) + DAG (lipohil, daher membrangebunden)
        • IP3: aktiviert Ca-Kanäle, die bei Öffnung Ca aus ER entlassen
          • Ca (2nd messenger) aktiviert Calmodulin (CaM): ein EF-Hand-Protein, das andere proteine aktiviert
            • Ca-CaM kann an Ca-CaM-Bindedomäne anderer Prot binden und diese dadurch ablösen --> Protein wird aktiviert
        • DAG: aktiviert PSerin undmithilfe von Ca auch die PKC

Aufbau der PLC

  • Katalytische X-Y-Domäne
  • Bindene Domänen
    • C2-Domäne: bindet Lipophile (Phosphatidylserin, Cholin)
    • EF-Hand: bindet Ca, löst konformationsänderung aus
    • PH-Domäne: bindet versch. Signaltransduktionselemente (PIP2/3, PKC, Gby)

 

Cell signaling

Unterschied zwischen PKA, PKB und PKC?

PKA: Proteinkinase A

  • Serin-Threonin Kinase
  • durch cAMP aktiviert
  • generiert Kaskade, die der Aktivierung des CREB (cAMP-responsive element-binding protein) dient

PKB: Proteinkinase B

  • zB Akt, wobei Akt ein Onkogen darstellt, das in Tumoren häufig hyperaktiv ist
  • upstream an PI3K/AKT-Signalweg gekoppelt
    • Wird dank PH-Domänen über PIP3 an Zellmembran rektrutiert
    • PTEN als Gegenspieler, da PTEN PIP3 durch Dephosphorylierung deaktiviert
  • downstream Aktivierung sowie Inaktivierung verschiedenster Enzyme, darunter
    • BAD
      • aktiv: dephosphoryliert, bindet an bcl2, Apoptose findet statt
      • inaktiv: durch Akt phosphoryliert, bindet nicht mehr an bcl2 --> Apoptose inhibiert
    • mTOR
      •  Ser/Thr-Kinase, zentraler Wachstumsregulator
      • wird durch Akt aktiviert, wobei weitere Enzyme zwischengeschaltet sind
      • stimuliert durch Phosphorylierung die Proteinsynthese und hemmt den Proteinabbau
      • Rapamycin hemmt mTOR
        • bei Krebs, wenn mTOR hyperaktiv
        • bei Organtransplantation, wenn IS temporär ausgeschaltet werden muss

PKC: Proteinkinase C

  • über Phosph.Serin an Membran gebunden
  • benötigt Ca und DAG zur Aktivierung, ist also an PLC gekoppelt
  • Phophoryliert verschiedenste Proteine

 

Cell signaling

RTK

  • Aufbau
  • Wichtiges assoziiertes Protein und seine Bedeutung/Funktion
  • ausgelöster Signaltransduktionsweg
    • zeichne und beschrifte!
    • relevante Proteine und Namen bzw. Synonyme sowie Funktion
    • Ziel des Sign.transd.weges?

 

Ein Beispiel zum Beispiel: Insulin-rezeptor

Aufbau

  • Domänen extra- und intrazellulär sowie transmembranär
  • Ligand bindet an extrazell Rezeptor --> Dimerisierung und gegenseitige Autophosphorylierung
    • Phoshorylierung aktiviert anderen proteine oder erzeugt Bindestellen für diese
  • wichtiges, assoziiertes Protein ist Ras
    • mebranständig, an fast alle RTK gekoppelt
    • Onkogen: hyperaktives Ras in Tumorzellen oft vorhanden
    • Hydrolysiert GTP nur sehr langsam, Aktivitätsdauer des Ras-GTP wird deshalb von GEF oder GAP reguliert

Signaltransduktion: Map-Kinase-Weg

  • zytoplasmatische Liganden für RTKs besitzen häufig SH2-Domäne, die an phosphoryliertes RTK binden
    • Grb2 dient als adaptorprotein: verbindet SH2 mit Sos
      • Sos = ein GEF, das auf monomere G-Prots agiert (wie zB Ras): tauscht GDP mit GTP um und aktiviert diese dadurch
  • Ras-GTP aktiviert Raf
    • Raf = Ser/Thr-kinase, auch "MKKK" genannt
  • MKKK aktiviert MKK
    • MKK = "MEK"
    • MKK können über verschiedene MKKK aktiviert werden
      • Scaffold-Proteine verhindern einschlagen falschen Transduktionskette durch Ordnen der korelierten Kinasen, sodass diese keine anderen, nicht zu aktivierende Kinase, fälschlicherweise Aktivieren (kurz: Kinasen werden ausserhalb Konkurrenz gebracht)
  • MKK aktiviert MAPK
    • MAPK = "ERK"
    • agiert auf TFs oder Transkriptionsregulatoren --> Amplifiziert eintreffende, mitogene Signal

Cell signaling

NRTKs

  • Was sind NRTKs?
  • Erläutere Beispiele

  • Non-receptor = zytosolische Enzyme, die funktionell wie RTK wirken: Phosphorylieren andere Enzyme (verwenden dafür ATP)
    • meist jedoch in Membran verankert (aber OHNE Rezeptor!)
  • interagieren mit versch. RTKs und werden über verschiedene Liganden stimuliert, aber aktivieren immer denselben Pathway --> Sammeln Reize und übertragen diese auf korrekten Pathway

Jak (ehemalig "just another kinase" benannt, die Entdecker hatten sicher auch die Schnauze voll von den ganzen Kinasen!)

  • Liganden: Cytokine (INterferone, INterleukine, Chemokine) & Hormone (EPO, Prolaktin, hGh)
    • Zytokin-Rezeptorenm verfügen über keine eigene enzymatische Aktivität --> angewiesen auf JAKs
  • JAKs aktivieren sich gegenseitig mit Rezeptoren --> rekrutieren STATs, die Transkription aktivieren

Abl

  • bcr-abl-Genkonjunkt ist verantwortlich für chronische myeloide Leukämie, durch unfaire chromosomale Translokation bedingt.
    • in dieser Form Enzym hyperaktiv und unausschaltbar
  • gesunde c-abl
    • ist eine non-receptor-Tyrosinkinase
    • kann über RTK sowie NRTKS aktiviert werden

Cell signaling

Phosphoinostiol-Weg

  • Welche wichtigen Stoffe involviert?
    • Antagonist?
  • Mechanismus

Mechanismus

  • Ligand: IGF (insulin like growth factor)
  • PI3K katalysiert die Phosphorylierung der 3’-OH Position am Inositolring von bestimmten Phospholipiden in der Zellmembran (Phosphatidylinositolen)
    • Die entstandenen Phosphoinositide, vor allem PIP3, dienen über PH-Domäne als Andockstellen für weitere Proteine, wie PKB (=Akt) oder PDK1.
    • Der wichtigste Signalweg, den die PI3K so aktiviert ist der PI3K/Akt Signalweg:
      • Deaktivierung des Bad-Proteins, wodruch es sich aus dem Bad-Bcl2-Komplex löst --> Bcl2-Protein daraufhin aktiv und Apoptose inhibiert

Antagonist

  • PTEN ist ein Enzym (Phosphatase), das der PI3K-Signalfortleitung durch Dephosphorylierung entgegenwirkt -> wichtiger Tumorsuppressor

Cell signaling

  • Wie werden RTKs deaktiviert?
  • Beispiel eines wichtigen Enzymes
    • Aufbau
    • Zweck
  • Beispiel Pathologie

 

Protein-Phosphatasen

  • Resetting durchlaufener Signaltranbsduktionspathways ohne PTPs unmöglich
    • Dephosphorylierung über CX5R-Motif, das sich in konservierter Phosphatase-Domäne befindet
  • zB PP2B (=Calcineurin)
    • Aufbau
      • CaNA mit katalytischer Aktivität, Bindestellen für Ca-CaM
      • CaNB mit regulatorischer Funktion, bindet 4 Ca-Ionen
    • Wichtig bei T-Zell Proliferation
  • gegliedert in 3 Klassen
    • Rezeptorähnlich
    • Dualspezifisch
    • Intrazellulär
      • zB SHP2: dephosphoryliert RTKs, an die es über pY bindet
        • Autoinhibierung dank D'E-Loop solange nicht an RTK gebunden
  • bakterielle PTPs
    • Beulenpest: durch Rattenfloh übertragenes Bakterium inseriert pathogene YoPH-PTP
    • pY wird unkontrolliert dephosphoryliert --> kein Resetting mehr möglich

Study